A filtração microbiológica consiste no envio de cerveja filtrada através de elementos filtrantes de porosidade decrescente, até uma porosidade tão pequena que é capaz de reter eventuais bactérias presentes na bebida. Este último elemento filtrante é regenerável por um bom número de vezes, dependendo da qualidade da cerveja filtrada. O padrão mais usado é de 10 reutilizações. Os pré-filtros são descartados a cada ciclo de filtração. O custo da operação é bastante baixo em relação aos benefícios para a cerveja.